เมื่อปลายปี พ.ศ. 2542 นายจุลพงษ์ โนนศรีชัย ผู้อำนวยการใหญ่สำนักงานการค้าและเศรษฐกิจไทย ได้ผลักดันให้มีการจัดตั้งสมาคมคนไทยในไต้หวันขึ้น โดยให้คุณกนกวรรณ พงษ์พุฒิวัฒนา รวบรวมคนไทยในไต้หวันให้มาร่วมประชุมกัน เพื่อจัดตั้งสมาคมคนไทยในไต้หวันขึ้นเป็นครั้งแรกในวันที่ 15 พฤศจิกายน 2542 ณ สำนักงานการค้าและเศรษฐกิจไทย ในที่ประชุมได้เลือกตั้งคณะกรรมการก่อตั้งสมาคมฯ โดยคุณกนกวรรณ พงษ์พุฒิวัฒนา ได้รับเลือกเป็นประธานคณะกรรมการก่อตั้งสมาคมฯ จากนั้น คณะกรรมการฯ ได้ทำการร่างธรรมนูญของสมาคมฯ ดำเนินการจดทะเบียนต่อกระทรวงมหาดไทยไต้หวัน ได้รับการอนุมัติให้เป็นองค์กรนิติบุคคลที่ถูกต้องตามกฎหมาย เมื่อวันที่ 22 มิถุนายน 2544